Die ersten Aktivitäten zur Gründung des Industrieverbundes Mikrobielle Genomforschung (IMG) gehen auf eine im Juli 2005 gestartete Initiative biotechnologisch ausgerichteter Unternehmen der Chemie-, Agro-, Nahrungs- und Konsumgüterindustrie zurück, um den spezifischen Interessen der Industrie zu diesem Themenfeld ein stärkeres Gewicht zu geben. Bereits 2006 gelang es, eigene industriegeführte Verbundprojekte mit industriellen und akademischen Partnern als Förderprojekte beim BMBF einzureichen. Ziel war die Erweiterung des akademischen GenoMik Netzwerks um eine zweite, industriegetragene Säule. Im Dezember 2006 veröffentlichten das BMBF und der IMG in Presseerklärungen die Genehmigung der industriegeführten Projekte. Der IMG konnte hier erstmals sein erfolgreiches Modell für ein gemeinsames Vorgehen der Industrie präsentieren. In mittlerweile drei Förderprogrammen sind 42 Mio. Euro an F&E-Mitteln aus den Mitgliedsunternehmen mobilisiert worden. Das BMBF unterstützt diese IWBio Industrieinitiativen durch die Bereitstellung öffentlicher Fördermittel.
Die Eintragung in das Vereinsregister erfolgte als Industrieverbund Mikrobielle Genomforschung e.V. mit elf Gründungsmitgliedern im März 2007. Die Gründung erfolgte durch die Unternehmen Agowa (heute LGC Genomics), Bayer Crop Science, Biopract (heute DSM Biopract), BRAIN, Degussa (heute Evonik Degussa), Evocatal, GATC, Henkel, Milupa, Südzucker und Wacker. Mittlerweile ist es dem Verbund gelungen, die Zahl der Mitgliedsunternehmen auf knap dreißig zu erweitern.
Seit Januar 2010 firmiert der Verbund als Industrieverbund Weiße Biotechnologie e.V. und hat 2014 offiziell seinen Sitz von Düsseldorf nach Berlin verlegt. Die Geschäftsstelle ist in Berlin-Reinickendorf angesiedelt.